Tallinna sadamasse sajandi alguses rajatud eraldiseisev lainemurdja ühendati läänemuuliga ning laevadele läbisõidu võimaldamiseks lammutati viimase küljest põkkamiskoha tagant umbes 11 sülla pikkune jupp. Nii eraldus läänemuuli kõverik ots, millest kujunes lõunamuul. Ümberehitatud ja laiendatud läänemuul oli saanud uue kuju, mis jäi mõne pisiparandusega pikemaks ajaks püsima.
Sadamas paigaldati aja-signaalkerad, mis aitasid laevakaptenitel parandada kronomeetrite näitusid. Need signaalkerad olid üleval umbkaudu 1930. aastani.
Tallinna sadama põhjamuuli remont jõudis lõpule. Selle taldmik kindlustati merepoolsest küljest 10 jala kõrguse ja 40 jala laiuse maakividest puistega, vee all asendati kandetarindi pehastunud osa uuega ning kastid laoti kive täis. Veepealne osa tehti täies ulatuses uus.
Valmis 320 sülla pikkune Viktooria muul ning koos sellega võttis kuju ka sadamabassein Kaupmehe silla ja uue muuli vahel. Basseini sügavus oli väike – 1½-5 jalga, mistõttu seda võis kasutada üksnes rannaveo (kabotaaž) tarbeks. Viktooria muuli maapoolne ots ehitatigi kabotaažisillana. Kagu poolt kaubaladude juurest suubus basseini kaubakontori “Thomas Clayhills & Son” erakanal, mis rajati umbes samal ajal.
Vahetusid Tallinna sadama haldajad. Merevägi andis tema hoolde usaldatud rajatised üle Mereväe insenerikomandole. Tallinn kustutati ka maakindlustuste nimekirjast.
Liinil Peterburi-Tallinn-Riia sõitsid soomlaste “Alexander II” ja “Grefve Berg”.
Liinil Helsingi-Tallinn-Lübeck alustas reise laevakompanii Sydfinska Angbätsbolaget Hullist renditud aurulaevadega “Alexander” ja “Nikolai”. Viimane oli enne sõitnud liinil Helsingi-Tallinn-Peterburi.
Tegevust alustas laevaliin Helsingi-Tallinn-Stettin, mis suleti 1940. aastal.
Liinil Stockholm-Turu-Helsingi-Tallinn-Peterburi sõitis kuni 1886. aastani Rootsis ehitatud “Aura”.
Baltiski komisjonil oli valminud sadama täielik projekt koos kindlustustega nii poolsaarel kui mõlemal saarel. Töö maksumuseks kujunes 24 miljonit rubla. Kuid sahtlisse unustati seegi otsus. Nii liikus Peterburi ametimeeste pliiats Baltiski ja Tallinna vahel järjepanu ühelt paberilt teisele. Tallinna vanast sõjasadamast oli aga vahepeal kujunenud kaubasadam ning selle nime all hakati teda ka linna plaanile kandma.
Ehitati teine Suurupi sihttuletorn – alumine. See 14,7 meetrit kõrge neljakorruseline puitsõrestikehitis asub all mererannal. Ülemine korrus ehitati talle juurde 1885. aastal.
Tallinna Admiraliteedi töökojad nimetati ümber Tallinna Sadamatehasteks.
Moodustati Tallinna linna sadamakomisjon, mille ülesannete hulka kuulusid sadamasse viivate teede ja sildade ehitamine ning korrashoid, järelevalve laevade laadimisel, samuti sadamapiirkonna tänavate ja sadamaplatside puhastamine.
Tallinn-Helsingi laevaliinil hakkasid sõitma teraskerega aurulaevad.
Tallinna sadamas rajati Kaupmehe sillale reisilaevade kai. Sadamatehastes pandi käima esimene aurumasin.
Tallinn oli merekindlusena minetanud sõjalise tähtsuse ja kaotanud sellega koos ka oma staatuse. Sadama läänemuul, Kaupmehe sild ja rannaveosild anti üle linnale.
Tallinna rae ning kaupmeeste kulu ja kirjadega pikendati Kaupmehe silda kirde suunas 35 sülla võrra. Nii sai enne kõverik Kaupmehe sild päris siksakilise kuju ning seisis sellisena järgmise sajandi algusaastateni. Läänemuuli ja Kaupmehe silla vahele peatollihoone ette hakati ehitama tollikaid. See graniitplokkidest ehitis punnplankudest vaiaridadel valmis ilmselt veidi hiljem, sest 1865. aasta linnaplaanil pole see sadamaosa võrreldes 1801. aasta plaaniga muutunud, hilisematel on aga mere poole laienenud.
Kaupmehe silla (praegu kaid 10, 11 ja 12) ajalugu on Tallinna sadama vanim. Juba esimene muul Tallinna lahes, mis algas Rannavärava lähedalt, sihtis ta tulevase asukoha suunas ning rootslaste ehitatud muuliosa ulatus juba Kaupmehe silla kohale.
Halli habemega vanatoi, kes pärimuse järgi elab Tallinna kõrval Ülemiste järves – umbes 36 meetrit merepinnast kõrgemal – otsustas linna ära uputada. Ta oli seda juba korduvalt lubanud ja passinud hetke, mil linn valmis saab. Nüüd oli põhjus teine. Talv oli lumerohke ja kevad tuli nii hilja, et Tallinna tänavatel sõideti veel pooles mais saaniga. Läänemeri oli kaldast kaldani jääs. Saabunud järsk soe tõstis järve üle kallaste, sest Härjapea jõgi ei jõudnud sulavett enam merre kanda. Õnneks jäi linn siiski alles ja sadam samuti.
Mai algul alustati Balti raudtee ehitamist teetrassil Baltiski-Tallinn-Tosno. Ilmad olid soodsad ja ehitus edenes hoogsalt.
Laevaliinil Helsingi-Tallinn-Lübeck hakkas sõitma reisi-aurulaev “Helsingfors”.
Tallinna sadamas rakendus esimene aurujõul töötav süvendaja. Põhjalikult hakati remontima sadamatehaseid. Osa tehastele kuuluvast maast ja hoonetest müüdi Tollivalitsusele tollihoone rajamiseks.
Lõppes Tallinna sadama üleandmine linnale. Lisaks varem loovutatud kaubasadamale läksid rae valdusse kõik sadama muulid ja sillad.
Ristna neemele, tormide ranna tippu püstitati 30 meetri kõrgune tuletorn Prantsusmaal valmistatud raudplekk-silinderlülidest.
Veoste kogus Balti ja Peterhofi ühendraudteel lähenes nüüd juba sellele tasemele, mida oli arvestatud raudtee projekteerimisel. Aasta jooksul veeti mööda rööpmeid üle 23 miljoni puuda (u. 377 000 t) mitmesugust kaupa.
Tallinna sadamas jõudsid plaanitud tööd lõpule. Tollikaile rajati tollihooned. Läänemuul ehk “Kroonusild” ehitati ümber ning vooderdati sadamapoolsest küljest paemüüritise ja graniitplaatidega. Merepoolne rinnatis lõhuti maha ning uus tehti madalam. Viimane ei olnud tark tegu, sest tormiga lõi laine üle muuli. Ent mõnigi tehtud töö vaatas ajast ette. Süvendamisel tõsteti Kaupmehe silla ja Viktooria muuli vahelt liiv ja rähk muuli taha, kuhu veeti lähedalt täiteks ka lammutatud rannakindlustused. Nii hakkas tekkima silla kõrvale laadimis- ja laoplats ehk Viktooria kallas. Sadama süvendamine jätkus veel järgneval kolmel aastal, siis juba linnavalitsuse korraldusel.
Lõppesid läänemuuli ümberehitustööd, millest selle järgu viimased seisnesid muuli laiendamises sadamapoolsel küljel 140 sülla ulatuses. Juurdeehitus rajati vaiadele.
Valmis uus bassein Viktooria muuli kõrval. Basseini laius oli 31 sülda, sügavus 25 jalga ning kaijoone pikkus 138 sülda.
Liivast kaitsetamm ümbritses ehitatavat basseini kolmest küljest, neljandaks oli Viktooria muuli tagune ala, kuhu oli juba varem rannaveo basseinist pinnast paigutatud. Liiv, mis nüüd uue basseini kaevamisel merepõhjast välja tõsteti, veeti samuti Viktooria muuli ning ka lõunapoolse kaitsetammi taguse täiteks. Sel viisil tekkinud kuivast maast said laoplatsid. Et meri laoplatsi ära ei uhuks, rammiti muuli ja basseini põhjapoolse nurga juurde 35 sülla pikkuselt punnplankudest sein, mille tagune täideti liivaga ja sillutati kividega muuli kõrguseni. Samal teel kindlustati ka basseini lõunapoolse nurga ja Härjapea jõe vahelise laoplatsi kallas. Kuna uus bassein polnud kaitstud ida- ja kirdetuulte eest, siis rammiti basseinile varjuks selle põhjapoolsest nurgast idamuuli sihis merepõhja punnplankudest ajutine lainemurdja – umbes 30 sülda pikk.
Vanasadama kõrvale rajatud Uussadam sai koos kaidega valmis, ent viiest projekteeritud basseinist kaks jäidki ehitamata. Päevakorda oli kerkinud ka lõunamuuli lammutamine. See kunagine läänemuuli otsajupp kujutas endast pigem veealust riffi ning kasu polnud temast kopika eest. Varem paiknesid seal püssirohu ja muu sõjakraami laod, mis koos Tallinna rannakindlustega likvideeriti. Muul jäi omapead ning meri tegi oma töö. Paraku osutus tolle jäänuki lõhkumine liiga kulukaks, mistõttu otsustati ta siiski ära parandada ja sinna midagi peale paigutada.
Koostati Vanasadama remondi ja muude vajalike tööde eelarve. Tallinna Börsikomitee võttis tööde korraldamise enda peale ning viis projekti maksumuse vähempakkumisel 4 protsenti odavamaks.
Tallinna sadamast veeti välja 912 336 kilogrammi “Tallinna kilu”. Eestimaa mõisnikud olid alustanud aasta alguse talvekuudel külmlaevadega lihaeksporti Londonisse.
Sedapuhku oli Tallinna sadamal remondiraha olemas ning käsile võeti kõige mahukamad tööd. Tormis lõhutud põhjamuul tuli ära parandada ning Viktooria puitmuul ehitada kivisillaks. Viimasel alustati töödega merepoolsest otsast 100 sülla pikkuses.
Uus Viktooria sild rajati kahele rööpsele punnplankudest vaiareale, reavahega 1,7 sülda. Eelnevalt kisti merepõhjast välja üle 1600 vana silla vaia ning uue silla alus süvendati 2,8 sülla sügavuseks alla nulli. Kiviseina kandmiseks rammiti vaiaridade vahele iga jooksva sülla peale veel 10 vaia, mille ümber laoti raudkivid, tasandati paekillustikuga ja betoonikihiga. Sellise aluse peale ehitati kivisein.
Viktooria puusillast oli saanud kivisild ning selle ümberehitamata rannapoolset otsa ehk kabotaaži silda hakati kutsuma “Baikovi sillaks”. Eriti palju kogu see ümberehitus kaubalaevade jaoks sadamaruumi ei suurendanud, sest sadamat ja veeteid teenindavad “kroonulaevad” võtsid enda alla suurema osa uue basseini sildumiskohtadest. Ruumi tekkis vaid Viktooria sillal. Sadama laiendamise küsimus jäi endiselt päevakorda. Tallinna sadama põhjamuuli remont olid jõudnud edukalt lõpule. Muuli mõlemal küljel asendati vana kõdunenud puitsein uuega – sadamapoolsel küljel veepealne osa, merepoolsel aga kogu sein.
Põhjalikult oli remonditud ka idamuuli. Eriti oli saanud tormides räsida idamuuli põhjapoolne ots, kuhu ehitati kolm uut kärgkasti kuni kahe sülla sügavuseni alla nulli. Ülejäänud pikkuses uuendati puitseina veepealne osa.
Lõunamuul oli elanud üle mahakandmise ohud ning saanud sarnaselt idamuuliga noorendatud ilme. Varem läbimurtud laevasõidutee laiendamiseks lammutati muuli läänepoolset otsa veel umbes 11 sülla pikkuselt. See töö tehti osalt tuukrite, osalt kisksüvendaja abil. Muulile oli rajatud tollivalve kivihoone, kus asus ka laevade järelevaataja kontor. Kord sõitnud üks purjekas mingi äparduse tõttu kliiverpoomiga otse kontori aknast sisse, kus töhe süvenenud ametimees parajasti laua taga kirjutas. Mehe ehmatus oli suur ning selles toas ei tahtnud pärast viibida enam ükski tolliametnik. Hiljem kaduski lõunamuulilt tollivalve ning muuli läänepoolses otsas võttis koha sisse Eestimaa Merejahtklubi, ida poole aga Tallinna Jahtklubi.
Uussadam Vanasadama kõrval ühendati sadama olemasoleva ringteega.
Pakri neeme kõrgele paepangale, liiga paeperve lähedale jäänud vanast tuletornist pisut kaugemale püstitati Eesti ranniku kõrgeim, 52,3 meetri kõrgune kaheksatahulise sokliga punane kivituletorn.
Tallinna sadamas rajas Balti Raudtee Selts raudteeharu Viktooria kaldale ning hakkas ehitama sinna viljaelevaatorit, mahutavusega 5264 m³. Paari järgmise aastaga valmis kogu kompleks koos viljaaitadega.
Sadamakomisjoni ettekirjutusel töötas Sadamatööde Valitsus välja Tallinna sadama uue ümberehituskava. Rannasõidulaevadele plaaniti ehitada omaette bassein sadama idaossa – 100 sülda pikk, 50 sülda lai ja 15 jalga sügav. Ka olid ilmnenud põhjamuuli ehituslikud puudused. Tugeva tuulega juhtis muuli kõverus lained otse põhjaväravasse, nii et sinna suunduval laeval oli oht põrgata vastu idamuuli. Seetõttu otsustati rajada põhjamuuli idaotsa 100 sülla pikkune lainemurdja, et varjata väravamulku ning üksiti ka uut basseini. Ajutine lainemurdja uue basseini otsas tuli lammutada. Poolpehkinud ja sopilisest Kaupmehe sillast pidi saama sirge kivimuul, laiusega 25-30 sülda, peal rööpad vagunite tarvis. Baikovi sild tuli ümber ehitada ning ka Läänemuuli ootas ees põhjalik ümberehitus koos õgvendamisega. Paraku kärbiti sedagi plaani ning mõni päevinäinud rajatis ja vajalik uus ehitis jäidki oma aega ootama. Ette võeti ainult Baikovi sild ja kaupmehe sild.
Tallinna sadamas süvendati rannaveo basseini Kaupmehe silla ning Baikovi kalda vahel.
Tallinna sadama lõunamuulil valmis Jahtklubi hoone.
20. oktoobril lahkus elust Vene keiser Aleksander III ja troonil võttis koha sisse (1894-1917) tema poeg Nikolai II., kes peatus tihti Tallinna ja Baltiski reidil, tõstis jala sadamasillale ja külastas linna.
AD 1896
Tallinna lõuna- ehk ülemise tuletorni puitsõrestiktarindi asemele ehitati 40 meetri kõrgune ümmargune kivitorn, mille alumine osa oli valge ja ülemine kolmandik must.
AD 1898
Tallinna sadamas rakendus tööle võimas aurupukser (puksiir, vedurlaev) “Assistant”, mis koos jäämurdjaga “Stadt Reval” teenindas laevu tõrgeteta Esimese Maailmasõjani välja.
AD 1899
Tallinna sadamas alustati Laevaremondi- ja Metallitehase (Admiraliteedi) basseini ehitamist. Seni oli aeru- ja aurupaate teenindanud veel Peetri aegne Admiraliteedi kanal, mis algas puusilla (hiljem pöördsild) kohal ja lõppes paaditöökoja ellingu juures.
Vanasadama reisiterminalide juures on võimalik reisijate pealevõtmiseks ja mahapanekuks lühiajaliselt tasuta parkida – selleks on nii A- kui D-terminali juures Kiss&Sail parklad. Kiss&Sail parklad on kasutamiseks nii erasõidukitele, mittelepingulistele taksodele kui ka sõidujagamis-app’ide sõidukitele (Bolt, Uber, Yandex jne). Otse terminali uste ette pääsevad vaid lepingulised taksod (Tallink, Tulika). Terminalide ees on lubatud lühiajaliselt parkida ainult bussidel.