Alates 1998. aastast on teostatud Muuga sadamas pidevat atmosfääriõhu kvaliteedi seiret, mida teostab OÜ Eesti Keskkonnauuringute Keskus.

Saastetaseme mõõtmisi teostatakse kolmes statsionaarses seirejaamas, kus mõõdetakse aromaatsete- ja alifaatsete süsivesinike ning vesiniksulfiidi tunni- ning ööpäevakeskmiseid kontsentratsioone välisõhus, samuti meteoparameetreid (temperatuur, tuule kiirus ja suund ning õhuniiskus).

Õhukvaliteedi kontrolli all hoidmiseks on välja töötatud Muuga sadama õhukvaliteedi keskkonnajuhtimissüsteem, mille alusel toimub laadimisprotsessi operatiivne juhtimine, tagamaks saasteainetele kehtestatud taseme piirväärtused sadama territooriumi piiril. Juhul kui mõõdetavate komponentide tunnikeskmised või ööpäevakeskmised kontsentratsioonid ületavad lubatud piirväärtust, teavitatakse sellest automaatselt e-postiga Keskkonnainspektsiooni, Keskkonnaameti, Viimsi ja Jõelähtme Vallavalitsust, Maardu linna ja ASi Tallinna Sadam vastutavaid töötajaid ning kõiki naftatooteid käitlevaid operaatoreid, kes on kohustatud rakendama vastavaid meetmeid tagamaks välisõhu kvaliteedile kehtestatud nõudeid.

Alates 2016. aasta kevadest on Muuga sadama piirkonnas paigutatud lisaks seirejaamadele ka e-Ninade võrgustik, mis koosneb 21 lõhnasensorist ja täiendab seni kasutusel olnud õhukvaliteedi seiresüsteemi. e-Ninade kasutuselevõtuga on võimalik saada lisateavet, millise ettevõtte (sh Muuga sadamast väljaspool asuvad) gaasisegudega on tegemist, et naftasaadusi käitlevad ettevõtted saaksid kiiremini kasutusele võtta omapoolsed meetmed lõhnahäiringu minimaliseerimiseks. Analoogne süsteem toimib Hollandis Rotterdami sadamas Royal Vopak ja Comon Invent koostöös juba 10 aastat ning selle aja jooksul on inimeste kaebused vähenenud 30-ne kordselt. E-Ninade projekt algatati piirkonna õhukvaliteedi parendamiseks tegutseva töögrupi raames. Tegemist on Tallinna Sadama ja Muuga sadamas tegutsevate naftaterminalide, Eesti Keskkonnauuringute Keskuse, Keskkonnaministeeriumi, Keskkonnameti ja Keskkonnainspektsiooni ühisprojektiga.

Seirejaamade tunnikeskmised mõõtetulemused on avalikult kättesaadavad EKUK kodulehel aadressil: http://airviro.klab.ee/