Tallinna Sadam käitleb naftatooteid nii Muuga sadamas kui ka Paldiski Lõunasadamas. Naftatoodete transiit on koondunud peamiselt Muuga sadamasse, kus tegutseb kolm suuremat terminali, mis tegelevad vedellasti ladustamise ja ümberlaadimisega: Liwathon E.O.S., Muuga Storage Terminal ja Olerex Terminal. Lisaks neile tegutsevad Muuga sadamas ka Neste ja Nynas terminalid. Nende ettevõtete tegevusvaldkonnad on mõnevõrra erinevad. Neste terminal tegeleb naftatoodete impordi, ladustamise ja hulgimüügiga, samas kui Nynas keskendub bituumeni, bituumeniõlide impordile ning turustamisele.
Paldiski Lõunasadamas käitleb naftatooteid ettevõtted Puma Energy Baltics ja toiduõlisid käitleb Baltic Oil Service.
Tallinna Sadama vedellasti operaatorite mahutipagid moodustavad ca 2,0 miljonit m³. Naftaterminalidel on välja arendatud raudteeinfrastruktuur, mis on ühendatud Eesti Raudtee põhivõrguga. Praegu suudavad Muuga sadama operaatorid tühjendada kuni 2 000 raudtee tsisternvagunit päevas – tühjendatakse täiskoosseisud.
Naftatoodete ümberlaadimist teostatakse Paldiski Lõunasadamas kolmel ja Muuga Sadamas seitsmel kail. Pikim kai on 340 meetrit ja sügavus on 18 meetrit, võimaldades vastu võtta kuni 300 000-tonniseid tankereid. Naftatoodete laadimiskiirus tankeritele ulatub kuni 7 000 tonnini tunnis.
Tallinna Sadama vedellasti operaatorid pakuvad nafta ja naftatoodete ladustamisteenust, suurte partiide kogumist ja blendingut.